DU Omiques : cap sur la session 2027 !

Produire, analyser ou valoriser des données biologiques à haut débit : tel est le but du Diplôme universitaire de l’Université Paris Cité Création, analyse et valorisation de données biologiques omiques. Ouvert à 15 participants sur dossier chaque année, il ouvre cette année avec une perspective IA et une nouvelle équipe. Inscriptions jusqu’au 1^er octobre !

Qu’est-ce que les données omiques ?

Les données omiques visent la caractérisation et la quantification collectives de grands ensembles de molécules biologiques. Ainsi, plutôt que d’étudier un seul gène ou une seule protéine isolément, les omiques analysent l’ensemble d’une catégorie de molécules biologiques, à grande échelle.

On distingue notamment :

• la génomique, qui étudie le génome, c’est-à-dire l’ensemble de l’information génétique portée par l’ADN ;
• la transcriptomique, qui étudie l’ensemble des ARN produits dans une cellule ou un tissu et permet notamment d’identifier quels gènes sont exprimés dans une condition donnée ;
• l’épigénomique, qui permet d’étudier à l’échelle du génome certaines modifications et mécanismes participant à la régulation de son activité ;
• la protéomique, qui étudie à grande échelle les protéines présentes dans un système biologique, leurs variations et leurs modifications.

Les approches omiques permettent aujourd’hui d’aller bien au-delà de l’étude isolée d’un gène ou d’une protéine. Les différentes couches d’information biologique peuvent être étudiées conjointement, mais aussi à des échelles nouvelles : celle de la cellule unique avec le single-cell, ou directement dans leur contexte tissulaire grâce à la transcriptomique spatiale.

Le développement de ces technologies s’accompagne d’une augmentation considérable du volume et de la complexité des données produites. Savoir les organiser, les analyser, les intégrer et en garantir la reproductibilité est donc devenu un enjeu majeur de la recherche biologique.

À quoi sert l’étude des données omiques ?

L’étude des données omiques permet d’analyser des mégadonnées biologiques afin de mettre en évidence des associations entre entités biologiques, d’identifier des biomarqueurs ou de mieux comprendre les mécanismes reliant génotypes et phénotypes.

Dans le domaine de la santé, ces approches peuvent contribuer à mieux caractériser certaines pathologies, à identifier des biomarqueurs ou de nouvelles cibles thérapeutiques et, dans certaines situations, à orienter des stratégies de médecine de précision.

Du point de vue de la recherche, au-delà de la santé humaine, la multiomique permet une compréhension plus holistique des mécanismes biologiques et des relations entre génotypes et phénotypes, avec des applications qui s’étendent à la compréhension des organismes et des écosystèmes de façon plus large.

Le DU vise notamment les biologistes et professionnels qui souhaitent comprendre les différentes étapes d’une analyse omique, gagner en autonomie et être capables de dialoguer efficacement avec les spécialistes de l’analyse de données.

L’objectif du DU Omiques

Très pratique et opérationnelle, la formation accompagne les participants depuis la conception de l’expérience jusqu’à la présentation et à la valorisation des résultats. Une de ses particularités est de leur permettre de travailler sur leurs propres données et d’appliquer progressivement les compétences acquises à un projet personnel.

Destiné aux ingénieurs, chercheurs, post-doctorants, enseignants-chercheurs, biologistes, médecins ou professionnels des biotechnologies, du diagnostic moléculaire et de l’industrie pharmaceutique, ceux-ci sauront, à l’issue de la formation :

• définir un plan d’expérience adapté et choisir les méthodes de génération de données omiques ;
• organiser et gérer les données produites ;
• mettre en œuvre les bonnes pratiques permettant de garantir la reproductibilité des analyses ;
• choisir et appliquer les méthodes statistiques adaptées ;
• automatiser les analyses en construisant des workflows reproductibles ;
• utiliser de manière critique et raisonnée les outils d’intelligence artificielle comme appui à l’analyse biologique ;
• présenter, interpréter et valoriser les résultats, notamment en vue d’une publication scientifique.

Des fondamentaux aux applications omiques

La formation est organisée en deux parties complémentaires. Les premières sessions sont consacrées aux fondamentaux nécessaires à la conception et à l’analyse d’une expérience omique. Les sessions suivantes sont organisées autour de différents types de données, chacun étant abordé à partir de sa structure propre afin d’en déduire les méthodes d’analyse adaptées.

La session 2027 intègre désormais explicitement l’intelligence artificielle dans la démarche d’analyse. L’objectif n’est pas de substituer l’IA au raisonnement biologique ou statistique, mais d’apprendre à utiliser ces nouveaux outils de manière critique et raisonnée comme appui au travail du biologiste.

Une équipe pédagogique renouvelée

Le DU a été créé et développé par Bertrand Cosson, Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain. La session 2027 s’appuie sur cette expérience tout en faisant évoluer l’équipe pédagogique et les contenus afin d’intégrer les avancées récentes en analyse de données omiques et en intelligence artificielle.

Sous la responsabilité de Bertrand Cosson, professeur à Université Paris Cité et responsable scientifique de la plateforme iPOP-UP, l’équipe pédagogique réunit également les enseignants-chercheurs Jérémy Berthelet, Sandrine Caburet, Yves Clément et Olivier Kirsh.

Des spécialistes extérieurs interviennent par ailleurs selon les thématiques, notamment en épigénomique, transcriptomique végétale, intelligence artificielle appliquée et bioinformatique clinique.

Une organisation compatible avec une activité professionnelle

La formation se déroule en présentiel sur le campus des Grands Moulins de l’Université Paris Cité. Elle est organisée en 10 sessions de deux jours réparties sur l’année civile, de janvier à décembre 2027. Ce rythme de deux journées environ par mois a été pensé pour être compatible avec le maintien d’une activité professionnelle.

La prochaine session débutera les 7 et 8 janvier 2027 et se poursuivra à raison d’une session mensuelle, avec une interruption estivale.

Ils en parlent

« Le DU omiques est, de loin, la meilleure formation que j’ai suivie. Un seul regret : que la formation soit déjà terminée ! »

« Je recommande à 100 % ce DU à tous ceux qui souhaitent progresser significativement en bio-informatique. »

« Au fil des mois, une dynamique de groupe se crée permettant une réponse personnalisée de la part des enseignants à nos projets. Ceci est très rare dans l’enseignement universitaire aujourd’hui. »

« Un DU tel que le DUO élève considérablement le niveau de compétences théoriques mais surtout pratiques des apprenants. »